液體樣品相對容易獲得,液體食品通常放在大罐中,取樣可以連續或間歇性攪拌。對于較小的容器,液體可以在取樣前上下混合。獲得的樣品應放置在滅菌容器中,并在取樣前將液體混合到實驗室。固體樣品常用的取樣工具包括無菌采樣袋解剖刀、勺子、軟木鉆、鋸子、鉗子等,使用前必須消毒。如果奶粉等食品混合均勻,其成分質量均勻穩定,可抽取少量樣品進行檢測;散裝樣品應從多個點取樣,每個點應單獨處理,并在檢測前混合均勻;肉類、魚類或類似食品不僅應在表皮上取樣,還應在深層取樣。深度取樣時,注意不要被表面污染。
取水樣時,使用無菌采樣袋。如果從水龍頭獲得樣品,應清潔水龍頭的內部和外部。打開水龍頭,讓水流動幾分鐘,關閉水龍頭,用酒精燈燃燒,再次打開水龍頭,讓水流動1-2min然后連接樣品并裝滿取樣瓶。如果檢測的目的是跟蹤微生物的污染源,建議在水龍頭消毒前取樣,并在水龍頭內外涂抹棉簽,以檢測水龍頭自身污染的可能性。從水庫、河流、井水等取水樣品時,用無菌采樣袋或工具取出瓶子,打開瓶塞,在流動的水中取樣是瓶口應直接對著水流。